Na obszarze portowym podległym Zarządowi Morskich Portów Szczecin i Świnoujście SA istnieją torowiska, które stanowią zarówno własność portu, jak i Polskich Kolei Państwowych. W Świnoujściu 85% torów należy do portu (16,7 km), reszta (3,3 km) do PKP. W Szczecinie proporcje są odwrotne: własność PKP to 40,7 km torów, zaś tylko 13,3 km należy do portu. Tory będące w gestii portu są w przyzwoitym stanie, czego w żaden sposób nie można powiedzieć o torowiskach znajdujących się w rękach kolejarzy. Nie są remontowane od lat. Na liczne monity, pisma, wezwania i apele, odpowiedź ze strony PKP była ciągle taka sama: brak pieniędzy, a musimy dbać o tory "szlakowe". - Problem w tym, że port nie może przeznaczać swoich środków finansowych na remont obcego majątku - stwierdza Hubert Binerowski, dyrektor ds. nadzoru majątkowego ZMPSiŚ. - Tory te ulegają dalszej, nieuchronnej dekapitalizacji. Stoimy na stanowisku, by jak najszybciej przekazano je portowi. PKP SA (bez PKP Przewozy Regionalne) w latach 2001-2003 otrzymały z kasy państwa, w formie pomocy publicznej - 5,3 mld zł, a w 2004 r. - 6,5 mld zł. Janusz Lach, dyrektor finansowy PKP, przyznaje, że ani złotówka z tych pieniędzy, jakie spółka otrzymała w 2004 r., nie została przeznaczona na inwestycje. Wyjaśnił, że środki potrzebne były na obsługę starych kredytów, wykorzystanych m.in. na restrukturyzację zatrudnienia. Batalia o uregulowanie spraw kolejowych w porcie trwa praktycznie od ponad 20 lat. Tory i rozjazdy, położone na terenach portowych, były budowane przez port i nieodpłatnie przekazywane PKP. Ich utrzymaniem zajmowały się poszczególne oddziały drogowe kolei. W latach 80. zaprzestano tej procedury i kolejne tory na obszarze portowym, wybudowane przez zarząd portu, stanowią już majątek ZMPSiŚ. Kolej nie była nimi zainteresowana. Dlatego np., na nowo wybudowanych nabrzeżach w świnoujskim porcie, m.in. na Chemików i Hutników - tory są własnością portu. PKP praktycznie nigdy nie inwestowały w infrastrukturę kolejową w portach Szczecin i Świnoujście. W latach 2000-2001 torami na obszarze portów, należącymi do kolei, zajmował się Zakład Infrastruktury Kolejowej, następnie Zakład Przewozów Towarowych PKP Cargo. W wyniku restrukturyzacji kolei, majątek ten został ujęty w ewidencji środków trwałych PKP SA - Zakładu Przewozów Towarowych w Szczecinie (zakład w likwidacji) i PKP SA, Oddziału Nieruchomości w... Gdańsku. Przez pewien czas, w 2002 r., tory te podlegały ponownie PKP Cargo w Katowicach. 10 stycznia 2003 r., podczas spotkania w porcie szczecińskim przedstawicieli PKP i ZMPSiŚ, portowcy dowiedzieli się, że torami stanowiącymi majątek PKP zajmuje się Zakład Gospodarki Nieruchomościami PKP w Szczecinie. Stanisław Pyzio z PKP Linie Kolejowe SA, który zajmuje się przekazywaniem torów i rozjazdów kolejowych na rzecz ZMPSiŚ, wyjaśnił portowcom, że majątek ten podlega likwidatorowi PKP Dyrekcja Przewozów Towarowych w Warszawie, a w jego imieniu działa Zakład Gospodarki Nieruchomościami w Szczecinie. Od września ub.r., trwają intensywne prace nad uporządkowaniem sieci kolejowej w porcie. W tym samym czasie zapadły decyzje ministerialne, o przekazaniu torów stanowiących majątek PKP, zarządom portów morskich. Razem z kolejarzami, portowcy ze Szczecina i Świnoujścia sporządzili dokładną inwentaryzację torów i rozjazdów oraz ustalili właścicieli poszczególnych odcinków. Już w czerwcu 2003 r., ZMPSiŚ przekazał Zakładowi Gospodarki Nieruchomościami pierwsze specjalne mapy tematyczne (w skali 1:2000). Na kolejno dostarczanych mapach tory całej sieci, w obu portach morskich, zostały oznakowane numerycznie i zewidencjonowane. Przygotowany został też projekt porozumienia w sprawie przekazania torów i rozjazdów kolejowych portowi. Ostatnia aktualizacja wszystkich dokumentów odbyła się w lutym br. W rękach PKP Linie Kolejowe są jednak wciąż tak ważne elementy, jak np. "górki rozrządowe". - Teraz sprawa uregulowań leży w gestii ministrów: skarbu państwa i infrastruktury - stwierdza H. Binerowski. - Port zrobił wszystko, co do niego należało w tej materii. Uważamy, że ta część sieci kolejowej, która leży na gruntach portowych, powinna stanowić majątek portu i być ewidentną składową ogólnodostępnej infrastruktury portowej. Takie rozwiązanie, jego zdaniem, pozwoli na racjonalne inwestycje, remonty i bieżące utrzymanie całej sieci, a nie tylko poszczególnych odcinków. Dla zespołu portowego jest to istotna sprawa, gdyż większość ładunków z zaplecza dociera właśnie transportem kolejowym. Połączenia z portem obsługiwane są przez PKP Cargo. Wprawdzie prywatny, polsko-niemiecki przewoźnik Koleje Bałtyckie uzyskał zezwolenie z PKP Linie Kolejowe na korzystanie z polskich torów, niemniej jednak ani jeden jego pociąg nie wjechał do Polski i do portów. Sprawa rozbiła się o lokomotywy i decyzje Urzędu Transportu Kolejowego.