Ukończył studia na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Gdańskiego, następnie uzyskał uprawnienia radcy prawnego. Pracował jako rzecznik prezydenta miasta Kołobrzeg i w kancelarii radcowskiej. Od 2004 do 2005 pełnił funkcję zastępcy prezydenta Kołobrzegu. W latach 90. działał w KLD, następnie w Unii Wolności. Od 2001 należał do Platformy Obywatelskiej. W 2005 z listy PO został wybrany posłem V kadencji w okręgu koszalińskim. Był wiceprzewodniczącym Parlamentarnego Zespołu Miłośników Historii. W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz drugi uzyskał mandat poselski, otrzymując 25 827 głosów. W lutym 2008 wszedł w skład sejmowej komisji śledczej ds. nielegalnego wywierania wpływu przez członków Rady Ministrów, Komendanta Głównego Policji, Szefa CBA oraz Szefa ABW, na funkcjonariuszy Policji, CBA oraz ABW, prokuratorów i osoby pełniące funkcje w organach wymiaru sprawiedliwości. 19 lutego 2009 został jej przewodniczącym w miejsce Andrzeja Czumy, który zrezygnował z tej funkcji w związku z powołaniem na urząd ministra sprawiedliwości. 22 października tego samego roku zrezygnował z członkostwa w tej komisji. Zginął w katastrofie samolotu prezydenckiego pod Smoleńskiem 10 kwietnia 2010 Jan Warchoł, prezes Polskiej Żeglugi Bałtyckiej wspomina posła Sebastiana Karpiniuka: Sebastian Karpiniuk był posłem na Sejm RP, który przez cały czas pełnienia tej funkcji zawsze zabiegał o rozwój gospodarczy, społeczny, kulturalny regionu, z którego się wywodził. Mocno angażował się w sprawy społeczności oraz lokalnych przedsiębiorstw. Poza, znanym chyba wszystkim, zainteresowanie kołobrzeskim sportem warto pamiętać także o tym, że nie obce były Mu problemy z jakimi borykała się gospodarka morska i związana z nią Polska Żegluga Bałtycka S.A. oraz Kołobrzeski Port. W każdej sytuacji, w której potrzebne było zaangażowanie, czy to na forum parlamentarnym czy tez rządowym można było liczyć na Jego wsparcie.